Po svojim geološkim karakteristikama drugačija je od ostalih otoka arhipelaga, sa osebujnim predstavnicima flore i faune. Najupečatljivija je na njoj biljka mlječika (fam. Euphorbiaceae) koja pokriva veliku površinu Palagruže i koja u poslijeljetnim mjesecima čitav otok pretvara,u predivan šareni svijet (biljka sa prvim vlažnijim danima počinje bujati, dok ljeti, posve bez listova, pritajena čeka prve plodonosne kapi vode). To šarenilo donekle ublažuje surov izgled otoka kojega sa svih strana biju vjetrovi i more (dani utihe vrlo su rijetki).

Palagruža ima dvije uvale, dva žala – Velo žalo sa južne i Stara vlaka sa sjeverozapadne strane, koji je čine donekle pristupačnom i sigurnom za brodove.
Nekad davno, brodovi su se navlačili na žalo; bilo je to vrijeme ribarske gajete falkuše, brodice kojom se na jedra /za sretnijih dana, kad je bilo vjetra sa zapada da ih puni/ i na vesla kretalo iz Komiže, najribarskijeg mjesta na Jadranu. Kretale su ljepotice falkuše, u regatama, na zvuk topa sa kaštela u luci. Najbrži su osvajali i najbolju poziciju - poštu za ulov…a veslalo se, bez prestanka, i do petnaest sati.Treba li ovdje što dodati, osim samo malo napora mašte da se zamisli ondašnji život - Evala vam, dragi, hrabri muži!

Zbog svog položaja Palagruža je tijekom vremena bila nastanjivana, o čemu svjedoče brojni ostaci kakvi se ne mogu pronaći na ostalim lokalitetima u Hrvatskoj. Vela Palagruža prava je «poslastica» za arheologe zahvaljujući kojima su razotkrivene tajne koje su postale svjedočanstva o povezanosti kultura starog vijeka, njihovim međusobnim utjecajima i važnosti za život onog, ali i današnjeg doba.
Palagruža je bila posjećivana još u doba najranijih zemljoradničkih zajednica (6. tis.pr.n.e.) koje su se kretale iz južne Italije prema našim krajevima.

Iz 6. st.pr.n.e. datira i preko 40.000 ulomaka grčke keramike, a pronađeno je i nakita, novca i koštanih predmeta. Ovi predmeti su prije zavjetne, nego uporabne primjene, što govori o Palagruži koja je, uz još nekoliko lokaliteta duž Jadrana, bila svetilište Diomedovog kulta. Pomorci su na tom važnom otoku-orijentiru i zaklonu, na putu između Jadranskog istoka i zapada (i obratno), ostavljali svoje darove-zavjete kako bi plovidba bila sretnija. A zašto baš Diomedovo svetilište? Upravo zbog ulomaka koji su na sebi imali grafite sa urezanim zavjetnim natpisima među kojima je bilo i onih sa imenom Diomeda, slavnog grčkog junaka iz Trojanskog rata, ali i zbog zapisa, doduše u fragmentima, koji su govorili o njegovom boravku i smrti.

Na Palagruži je i svjetionik, najveći na Jadranu, podignut davne 1875.godine; radovima je upravljao meštar Marinković-Mestrazane, iz Komiže.
I Papa je bio na ovom osebujnom otoku, i to u proljeće 1177. Papa Aleksandar III je iz mjesta Vieste, na talijanskoj obali, na putu prema Zadru i Veneciji zastao i na Palagruži gdje su ga pogostili komiški ribari nakon čega je posjetio i Komižu prije no što je nastavio dalje.
Zbog svojih endema, arheoloških nalaza i važnosti na tom putu u srcu Jadrana, arhipelag Palgruže proglašen je spomenikom kulture i prirode.

Ovo je tek započeta priča o otocima pučine, koji su, svaki za sebe, zanimljiv svijet vrijedan upoznavanja – i divljenja. Priča je ovo koju će svatko od nas sastavljati i nastavljati prema vlastitom doživljaju, nastalom iz dodira sa ovim izuzetnim svjedocima vremena. Ne smijemo pri tome zaboraviti koliko smo i sami važni u kreiranju i opstanku života na njima.

Otisnimo se, zaplovimo, dotaknimo, naučimo!